Вернуться к каталогу блоков

Linux для биоинформатики

8000,00
р.
Добавить в маршрут
Этот модуль предназначен для биологов и начинающих исследователей, которые работают в Windows или macOS и не имеют опыта работы с командной строкой. Он помогает снять ключевое ограничение, с которым сталкиваются специалисты при переходе к биоинформатике, — невозможность самостоятельно работать с большинством специализированных инструментов, требующих среды Linux. Модуль последовательно знакомит с базовыми принципами работы в Linux: от понимания форматов данных до уверенного использования терминала и написания простых bash-скриптов для автоматизации рутинных операций.

Входит в состав образовательной траектории
"Разработчик биоинформатических пайплайнов"

Сложность: базовый уровень

Инструменты: Linux-среда

Инструменты: Bash

Направление: Биоинформатика

Уровень сложности: Базовый

Преподаватель: Вихорев Александр

Подробная информация о блоке
Программа обучения
Характеристики образовательного модуля

Подробная информация о блоке

В современной биоинформатике значительная часть инструментов, библиотек и аналитических пайплайнов рассчитана на работу в среде Linux. Отсутствие навыков работы с командной строкой приводит к зависимости от готовых программ с графическим интерфейсом, ограничивает возможности анализа и значительно замедляет работу.

Данный модуль направлен на формирование базовой, но достаточной для практической работы компетенции: умения уверенно работать в терминале Linux. Слушатели изучают основные форматы биологических данных, осваивают базовые команды командной строки, учатся управлять файлами и процессами, а также автоматизировать повторяющиеся действия с помощью простых bash-скриптов.
Материал подаётся пошагово и ориентирован на слушателей без технического бэкграунда. Курс не требует предварительного опыта работы с Linux и программированием.

Для кого этот модуль:
  • Биологи и биомедицинские специалисты без опыта работы в Linux.
  • Студенты и аспиранты, начинающие путь в биоинформатике.
  • Исследователи, работающие в Windows или macOS и сталкивающиеся с необходимостью использовать Linux-инструменты.
  • Все, кто хочет перестать зависеть от графических интерфейсов и научиться работать с данными напрямую.

Что вы получите после прохождения модуля:
  • Понимание структуры операционной системы Linux и принципов работы с файлами.
  • Уверенное использование командной строки для повседневных задач.
  • Навыки навигации по файловой системе, копирования, перемещения и обработки файлов.
  • Умение управлять процессами и выполнять базовые операции в терминале.
  • Навык автоматизации рутинных задач с помощью простых bash-скриптов.
  • Готовность устанавливать и использовать биоинформатические инструменты, рассчитанные на Linux.

Программа обучения

Тема 1. Введение. Форматы данных
Содержание
Основные применения технологии NGS — транскриптомика, геномика, метагеномика. Основные этапы обработки данных. Тримминг, картирование, сборка. Форматы данных fastq, sam, vcf. Общая идея пайплайнов. Инструменты для написания пайплайнов.
Практическая работа
Изучение документации форматов файлов fastq, sam, vcf
Самостоятельная работа
Изучение учебно-методических материалов (памятки, статьи).

Тема 2. Командная строка Linux
Содержание
Команды в Linux. Работа с файлами и файловой системой в Linux. Использование регулярных выражений. Модификация, анализ файлов при помощи команд. Объединение выполнения команд. Ярлыки, архивы, команды df, du, find.
Практическая работа
Написать команды для работы с файлами формата fastq, sam, vcf
Самостоятельная работа
Изучение учебно-методических материалов (памятки, статьи).

Тема 3. Работа с bash
Содержание
Редактирование и запуск скриптов в Linux. Основы bash. Работа с файлами при помощи bash. Условные конструкции в bash. Выполнение скриптов на вычислительном кластере.
Практическая работа
Написать скрипт для автоматизации выполнения сложной команды
Написать скрипт для запуска команды на большом количестве файлов
Написать скрипт для запуска команд с условным оператором
Самостоятельная работа
Изучение учебно-методических материалов (памятки, статьи).

Итоговая аттестация

Характеристики образовательного модуля

Характеристики образовательного модуля:

  • Продолжительность: 16 ак. ч.
  • Сложность: базовый уровень
  • Направления: инструменты анализа данных, биоинформатика
  • Навыки: работа в командной строке, управление файлами и процессами, автоматизация задач, написание bash-скриптов
  • Инструменты: Linux, командная строка, bash
  • Документ об образовании: удостоверении о повышении квалификации НГУ

Эксперт образовательного модуля:

  • Александр Викторович Вихорев, заведующий лабораторией бионформатики, разработчик цикла видеокурсов по биоинформатике и молекулярной биологии