Реконструкция генных сетей на основе транскриптомных данных представляет собой один из важных подходов в системной биологии для выявления регуляторных взаимодействий между генами. Транскриптомика обеспечивает количественную оценку экспрессии генов в различных биологических условиях, что позволяет идентифицировать дифференциально экспрессирующиеся гены и анализировать их совместное поведение. Методы реконструкции сетей делятся на три основные категории: корреляционные подходы, методы на основе взаимной информации и алгоритмы машинного обучения. Каждый класс методов имеет специфические преимущества, ограничения и области применения.