Тема 3.1. Практикум № 1. BLUPF90 для практических занятий
Практическая работа: BLUPF90 для практических занятий
Тема 3.2. Практикум № 2. Расчет племенной ценности, генетической корреляции между признаками и коэффициента наследуемости
Практическая работа: Примеры скриптов для расчета племенной ценности, генетической корреляции между признаками, коэффициента наследуемости
Тема 3.3. Практикум № 3. Моделирование одного снипа
Практическая работа: Моделируем один снип. Упражнение на понимание частоты снипа, распределения Харди-Вайнберга
Тема 3.4. Практикум № 4. Моделирование признака
Практическая работа: Моделируем признак. Упражнение на аддитивной, доминантной и рецессивной модели наследуемости, коэффициент наследуемости.
Тема 3.5. Практикум № 5. Анализ ассоциаций между смоделированным снипом и признаком с помощью корреляции и линейной регрессии
Практическая работа: Делаем анализ ассоциаций между смоделированным снипом и признаком с помощью корреляции и линейной регрессии. Упражнение на понимание линейной регрессии, как делается GWAS, уровня значимости (p-value), эффекта снипа на признак, дисперсии описываемая снипом, мощности статистического метода. Почему в GWAS аддитивная модель является базовой, как связаны эффект снипа — p-value (размер выборки)
Тема 3.6. Практикум № 6. Моделирование полигенной архитектуры признака
Практическая работа: Моделируем признак, на который влияют два и более снипа. Модель на понимание полигенной генетической архитектуры, неравновесия по сцеплению, GxG и GxF взаимодействия, в чем отличие линейной регрессии с стандартной оптимизацией OLS от Байесовской регрессии.
Тема 3.7. Практикум № 7. GWAS на реальных данных компании
Практическая работа: Берем реальные или симулированные данные: например 100−50 000 снипов и один или несколько признаков. Используем plink, gcta или похожий пакет для проведения GWAS. Проводим контроль качества генетических и фенотипических данные. Проводим PCA анализ. Минимизируем влияние генетической стратификации с помощью PCA и mixed model. Разделяем выборку на тренировочную и тестовую, валидируем найденные снипы, сравниваем с публикациями, создаем PRS score для предсказания будущего признака. Что такое инфляционный фактор, как стратификация влияет на ошибки в GWAS.
Промежуточная аттестация