Современная биология и медицина работают с огромными объёмами данных геномного секвенирования, и сегодня особенно востребованы специалисты, которые умеют не просто анализировать данные, а выстраивать автоматизированные и воспроизводимые биоинформатические пайплайны. Курс «Разработка биоинформатических пайплайнов» отвечает этому запросу, фокусируясь на практической работе с NGS-данными и инструментах, которые реально используются в научных и прикладных проектах.
В процессе обучения у слушателей формируется актуальный набор компетенций на стыке биологии и IT. Эти знания позволяют эффективно работать с "сырыми" данными секвенирования, снижать количество ошибок и масштабировать исследования под задачи науки, медицины и биотехнологической индустрии.
В процессе обучения у слушателей формируется актуальный набор компетенций на стыке биологии и IT. Эти знания позволяют эффективно работать с "сырыми" данными секвенирования, снижать количество ошибок и масштабировать исследования под задачи науки, медицины и биотехнологической индустрии.
Курс "Разработка биоинформатических пайплайнов" предназначен для:
Чему научитесь на курсе:
- Биоинформатиков — специалистов, желающих расширить свои знания в области работы с NGS и автоматизации процессов
- Начинающих исследователей и студентов — тех, кто только вступает на путь анализа больших геномных данных и хочет овладеть практическими инструментами
- IT-специалистов — заинтересованных в изучении биоинформатики и применении знаний в задачах, связанных с анализом биологических данных
- Ученых и исследователей в области биологии и геномики, которым важно получить навыки работы с NGS и инструментами для управления вычислениями
Чему научитесь на курсе:
- Проводить обработку и анализ «сырых» данных секвенирования
- Работать в ОС Linux в программах Conda, Singularity, примененять язык программирования Groovy для создания конвейеров биоинформатического анализа данных в среде Nextflow
- Применять на практике конвейерную обработку биоинформатических данных NGS в геномике
- Решать задачи, связанные с обработкой данных секвенирования: от загрузки исходных данных до анализа готовых результатов
Linux для биоинформатики
Тема 1. Введение. Форматы данных
Тема 2. Командная строка Linux
Тема 3. Работа с bash
Последовательно знакомимся с базовыми принципами работы в Linux: от понимания форматов данных до уверенного использования терминала и написания простых bash-скриптов для автоматизации рутинных операций.
Подробнее о модуле
Биоинформатические пайплайны с NextFlow
Тема 1. Программы в ОС Linux: CONDA, SINGULARITY
Тема 2. Пайплайны, фреймворк NextFlow, язык Groovy
Тема 3. Работа с процессами NextFlow
Знакомимся с современными инструментами, позволяющими создавать воспроизводимые и управляемые вычислительные пайплайны. Слушатели осваивают управление программными зависимостями, изоляцию окружения и работу с фреймворком NextFlow для построения и запуска надёжных аналитических процессов.
Подробнее о модуле
Биоинформатика в NGS
Тема 1. Оценка качества данных, фильтрация и тримминг прочтения
Тема 2. Картирование на референсный геном
Тема 3. Поиск мутаций: SNP, indel, CNV
Тема 4. Аннотация
Тема 5. Проверка точности пайплайнов
Модуль последовательно охватывает полный классический цикл анализа NGS-данных — от оценки качества сырых прочтений до поиска и аннотации генетических вариантов — с использованием ключевых инструментов, применяемых в современной научной и прикладной практике.
Подробнее о модуле
Тема 1. Введение. Форматы данных
Тема 2. Командная строка Linux
Тема 3. Работа с bash
Последовательно знакомимся с базовыми принципами работы в Linux: от понимания форматов данных до уверенного использования терминала и написания простых bash-скриптов для автоматизации рутинных операций.
Подробнее о модуле
Биоинформатические пайплайны с NextFlow
Тема 1. Программы в ОС Linux: CONDA, SINGULARITY
Тема 2. Пайплайны, фреймворк NextFlow, язык Groovy
Тема 3. Работа с процессами NextFlow
Знакомимся с современными инструментами, позволяющими создавать воспроизводимые и управляемые вычислительные пайплайны. Слушатели осваивают управление программными зависимостями, изоляцию окружения и работу с фреймворком NextFlow для построения и запуска надёжных аналитических процессов.
Подробнее о модуле
Биоинформатика в NGS
Тема 1. Оценка качества данных, фильтрация и тримминг прочтения
Тема 2. Картирование на референсный геном
Тема 3. Поиск мутаций: SNP, indel, CNV
Тема 4. Аннотация
Тема 5. Проверка точности пайплайнов
Модуль последовательно охватывает полный классический цикл анализа NGS-данных — от оценки качества сырых прочтений до поиска и аннотации генетических вариантов — с использованием ключевых инструментов, применяемых в современной научной и прикладной практике.
Подробнее о модуле
Характеристики курса:
Эксперты программы:
- Продолжительность: 74 ак. ч.
- Направления: биоинформатика
- Навыки: сборка пайплайнов, управление файлами и процессами в Linux-среде, анализ NGS-данных
- Инструменты: Linux, Conda, Singularity, NextFlow, FastQC, BWA, GATK
- Документ об образовании: удостоверении о повышении квалификации НГУ
Эксперты программы:
- Александр Викторович Вихорев, заведующий лабораторией бионформатики, разработчик цикла видеокурсов по биоинформатике и молекулярной биологии
Контакты
адрес в Новосибирске:
© 2026 Все права защищены.
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет». Передовая инженерная школа НГУ
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет». Передовая инженерная школа НГУ
Юридический адрес
630 090, Новосибирская область, г. Новосибирск, ул. Пирогова, 2
630 090, Новосибирская область, г. Новосибирск, ул. Пирогова, 2
Оставьте заявку
Наш менеджер свяжется в вами