Изучению этапов анализа данных геномного секвенирования
Работе в командной строке Linux
Созданию скриптов на Bash
Управлению программной средой через Conda
Контейнеризации приложений с использованием Singularity
Созданию автоматизированных пайплайнов через Nextflow
Курс посвящен созданию и автоматизации пайплайнов для обработки данных геномного секвенирования
Участники:
Актуальность курса
эффективно работать с «сырыми» данными секвенирования
масштабировать исследования под задачи науки, медицины и биотехнологической индустрии
снижать количество ошибок
Современная биология и медицина работают с огромными объёмами данных геномного секвенирования, и сегодня особенно востребованы специалисты, которые умеют не просто анализировать данные, а выстраивать автоматизированные и воспроизводимые биоинформатические пайплайны
Курс «Разработка биоинформатических пайплайнов» отвечает этому запросу, фокусируясь на практической работе с NGS-данными и инструментах, которые реально используются в научных и прикладных проектах.
В процессе обучения у слушателей формируется актуальный набор компетенций на стыке биологии и IT.
03 Применять на практике конвейерную обработку биоинформатических данных NGS в геномике
04 Решать задачи, связанные с обработкой данных секвенирования: от загрузки исходных данных до анализа готовых результатов
01 Проводить обработку и анализ «сырых» данных секвенирования
02 Работать в ОС Linux в программах Conda, Singularity, примененять язык программирования Groovy для создания конвейеров биоинформатического анализа данных в среде Nextflow
03 Образ Linux: рекомендуем Ubuntu 22.04 LTS (стабильная версия с долгосрочной поддержкой)
04 Минимальные системные требования Оперативная память: 8 ГБ и выше (лучше 16 ГБ) Процессор с поддержкой виртуализации Intel VT-x или AMD-V (почти все современные процессоры) Место на диске: минимум 40 ГБ
Я бы хотела написать благодарность за данный курс и преподавателям, и организаторам. Курс сделан очень качественно и понятно. Как раз необходимо было разобраться как работает string и cytoscape. Раньше приходилось искать обучающие ролики на ютубе и они все почти на английском языке или на других языках, что затрудняло усвоение материала. В курсе все понятно, структурированно и я нахожусь под приятным впечатлением, потому что последние пройденные мной курсы от других организаций оставили разочарование от организации до подачи материалов в области биоинформатики. Желаю Вам еще реализовать новые и классные проекты в области биоинформатки и не только. 27 августа
Этот интенсив — идеальный способ, чтобы с нуля войти в тему анализа генных сетей. Программа отлично сбалансирована: от понятной теории и поиска данных до уверенной работы в профессиональном ПО, таком как Cytoscape. Практические задания — главная сила этого курса, они не дают заскучать и помогают сразу закрепить знания. Особенно радует, что курс открывает двери для дальнейшего развития: если проявить усидчивость, можно копнуть очень глубоко и по-настоящему разобраться в теме. Спасибо ПИШ НГУ за такую возможность!
Разработка биоинформатических пайплайнов
Отличный курс от опытных специалистов-практиков, с которого можно и нужно начинать погружение в биоинформатику.
Спасибо за курс. Он состоял из двух основных частей. В первой был представлен обзор основных биологических баз данных по работе с последовательностями белков, геномов организмов и отдельных генов. Во второй более подробно разбиралось построение и анализ генной сети в программе Cytoscape на основе набора дифференциально-экспрессированных генов по результатам данных NGS. Курс будет полезен тем, кто работает с таким типом объектов и данных.
Машинное обучение и нейронные сети в биологии и медицине
Спасибо за курс! Очень мало ВУЗов предлагают что-то похожее в сфере нейронных сетей/машинного обучения в медицине и биологии.
Машинное обучение и нейронные сети в биологии и медицине
Хочется выразить огромную благодарность организаторам за очень грамотный и логически выстроенный курс! После прохождения лекционного материала большая часть информации укладывается в голове. Также, хочу отметить, что замечательно то, что присутствует большое количество практических заданий, где есть над чем подумать и отработать пройденный материал. Большое спасибо!
Содержание программы полностью соответствовало моим ожиданиям, специалисты, с которыми мы работали, были заинтересованы на 100% в том, чтобы мы смогли в дальнейшем передать полученные знания школьникам, которые будут участвовать в олимпиадах. Уже интересно пройти обучение и по другим программам ПИШ НГУ.
Очень впечатлила высокая квалификация нашего преподавателя — Сергея Евгеньевича Седых, да и всего коллектива ПИШ НГУ и регионального центра «Альтаир», который взаимодействовал с нами в течение обучения. Видно, что эти люди любят свое дело и живут им. Выражаю благодарность коллективу ПИШ НГУ за организацию такого насыщенного обучения.
Продолжая использовать сайт, вы даёте согласие на использование cookies и понимаете, что информация на сайте не является публичной офертой и носит исключительно информационный характер. Узнайте подробности или измените свои настройки cookies